Les Loges sont souveraines dans le respect du Rite.

La Chambre des Maîtres est le cœur de la Loge, son centre de décision. La Chambre des Maîtres élit le VMO de l'atelier sur proposition des « Maîtres Installés » (au ROS, l'accession à la Chaire de Salomon suppose de recevoir auparavant « l'initiation secrète du maître installé »).

Le programme est décidé de même en Chambre des Maîtres. Aucun thème de réflexion ne peut être imposé à la Loge de l'extérieur. De même la Loge initie les impétrants sans « rendre compte », installe elle-même son VM, son Collège d'Officiers.

Pour les affiliations, chaque atelier prend soin de transmettre au Grand Chancelier de l'Ordre les affiliations éventuelles des FF et SS d'obédiences amies afin de recueillir, les « Observations fraternelles » émises par ces Obédiences. Mais là encore, la Loge prend sa décision en conscience, en toute indépendance.

La Chambre des Maîtres est également une chambre de Justice.

En vertu des accords avec toutes les Obédiences en France (à l'exclusion de l'Obédience reconnue par la GLUA), les Loges de l'OITAR sont ouvertes sur le monde maçonnique et les francs-maçons de l'OITAR peuvent visiter les Obédiences françaises pour y travailler.

Territoires

Trois Loges proches géographiquement peuvent demander à créer un Territoire et donc une Loge Territoriale. Cette Loge Territoriale réunit régulièrement un "Conseil de Maîtres Installés du Territoire". Dans ce conseil se retrouve tous les Maîtres de Loge et tous les Passés Maitres de Loge.

Ce Conseil élit pour trois ans un "Grand Maître Territorial" (GMT). Le but du Territoire est de veiller à la bonne pratique du Rite, de faciliter la vie matérielle des Loges et d'animer la vie commune. Le GMT n'a donc pas de rôle « d'inspection » sur la bonne pratique du Rite. Néanmoins il peut conseiller, aider les Loges qui le souhaitent. Le "Conseil des Maîtres Installés" peut également être saisi de tout problème concernant le VM d'une Loge ou un conflit entre deux Loges.

Le Territoire est une chambre d'appel pour les décisions émises en Justice maçonnique au niveau d'une Loge.

Les GMT se réunissent régulièrement au niveau international. Le Conseil des GMT confirme l'élection du GMG (Grand Maître Général) proposée par le SCU.

Plus haute instance des Loges « bleues », le conseil des GMT constituent le Collège de la Loge « Les Fondateurs n°1 » animée par le GMG. Ce collège décide de l'allumage des nouvelles Loges et des Triangles et les installent. Il prend toute décision administrative concernant les trois premiers degrés.

Loges et Triangle

Les Loges de l'OITAR disposent d'une « patente » délivrée par le Grand Maître Général et portant le nom et le numéro d'ordre de la Loge. Cette patente est définitive et ne peut être retirée que pour des manquements graves et répétés au Rite, des comportements anti-maçonniques, des actes graves relevant de la Justice profane et qui concerneraient directement la Loge.

La délivrance d'une Patente signe entre la Loge et l'Ordre un « contrat moral » qui établit les droits mais également les devoirs de la Loge et de ses membres.

Le Triangle est une structure plus contrôlée. Les chartes octroyées aux Triangles sont valables une année et sont renouvelables après étude avec le « maître Architecte » responsable du Triangle, des possibilités de progression du Triangle, de ses perspectives. La charte est renouvelable jusqu'au jour où, disposant de sept maîtres la charte d'Oeuvre Coutumière du Triangle devient Patente.